sowohl das Rechnungslayout als  auch der Nummernkreis kann einem bestimmt Shop zugeordnet werden.

Dafür klicke ganz oben rechts in deinem Account auf "Einstellungen, in dem Dropdown auf Verbindungen und dort auf Shops. 

Dann wählst du die Shopverbindung aus, die du bearbeiten möchtest, und nimmst die Zuordnung der Nummernkreise (1) und Layouts (2) vor.